O ISN 2015-2016 tem um financiamento de cerca de setecentos mil euros, dos quais 85% são assegurados pela Islândia, Liechtenstein e Noruega, através do Programa Iniciativas em Saúde Pública dos EEA Grants (European Economic Area Grants), e 15% pelo Estado Português. O Programa Iniciativas em Saúde Pública é da responsabilidade da Administração Central do Sistema de Saúde (ACSS).
Os EEA Grants destinam-se a apoiar iniciativas e projetos em diversas áreas programáticas, com vista a reduzir as disparidades económicas e sociais e reforçar as relações bilaterais entre os Estados Doadores e os Estados Beneficiários.
